Előadásomban be fogok számolni a szegedi HPC csoport működésének tapasztalatairól. A projekt létrejötte az SZTE különböző egységeiből verbuválódott számítógépes kémiai kutatók összefogásával indult, Dombi György professzor irányításával elnyerve az NKTH/KPI KIIF ALAP4-00092/2005 pályázat anyagi támogatását a szükséges hardver beszerzésére. Ezzel a korábban elérhetőnél lényegesen nagyobb erőforrás került a birtokunkba, ami minőségi változást tett lehetővé a nagy teljesítményű számításokat igénylő kutatások művelésében.

A Szegedi Tudományegyetem HPC csoportja egy falak nélküli számítógépes laboratórium: a kutatói közösség számára nagy teljesítményű számítógépes infrastruktúrát szolgáltató virtuális szervezet. Olyan irodaként is szolgálhat, amely képviseli különböző területekről együttműködő kutatók projektjét. A jelenlegi munka molekulamodellezésre koncentrált, különösen biomolekuláris alkalmazásokra amelyek potenciálisan hasznosíthatóak a gyógyszerkutatásban. <!-- @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in } P { margin-bottom: 0.08in } -->Emellett azonban számos más terület kutatói részére is biztosítunk számítási kapacitást, úgy a dél-alföldi régióból mint budapesti műhelyekkel való együttműködés keretében. Eddigi tevékenységünk non-profit keretek közt folyt, de felkészültünk üzleti hasznosítású munkák elvégzésére is szerződéses keretek között.

Installált hardverünk két fő egységből áll. Az egyik egy megosztott memóriás rendszer 48 Itanium processzorral és 48 GB RAM memóriával egyesített (single system image) kiépítésben; ez lehetővé teszi nagy, memória-intenzív alkalmazások futtatását és csúcsteljesítményt nyújt jól párhuzamosított programoknak. A másik egység egy blade-cluster, összesen 76 Opteron processzor-maggal (19 dual-core/dual-processor alegységben); ez előnyösen szolgálja nagyszámú, kisebb részekre bontható feladat feldolgozását. A teljes nyers számítógépes kapacitás közel 500 GFLOPs (milliárd lebegőpontos művelet másodpercenként). Felhasználói tárolónk elsődlegesen mintegy 2 Terabájt diszk-terület. Átfogó szoftver-készletünk lefedi a számítógépes kémia széles spektrumát, kezdve az egyszerű molekuláris mechanikától a magasszintű elektron-szerkezet számításig, beleértve a molekuláris dinamikát és ligandum-receptor dokkolást is.